선생의 활동에서 주목할 것은 신민회 활동이다. 1907년 안창호가 국내에 들어와 조직된 신민회는 양기탁, 전덕기, 이동녕, 안창호, 이동휘, 이갑, 유동열 등을 중심으로 조직된 비밀결사였다. 신민회는 총감독에 양기탁, 총서기에 이동녕, 재무에 전덕기, 집행원에 안창호 등을 임원으로 정하고, 대한매일신보와 상동청년회 계열의 인사들, 무관 출신과 서북 지역 인사들이 참가하고 있었다. 회원의 규모는 대략 3,4백 명에 달했다.
이 같은 신민회는 몇 개의 집단으로 구성되었고, 그 중 상동청년학원은 중심 세력으로 역할하면서 전덕기와 이회영 등이 참여하고 있었다. 전덕기는 상동청년회를 중심으로 신민회의 재무를 맡았고, 상동교회의 삼총사라 불리우는 선생을 비롯한 최성모, 김진호 등이 전덕기를 도왔다. 이때 선생은 주로 상동청년학원을 주축으로 하는 활동 임무를 맡았던 것으로 보인다. 1907년 가을 이후 평양의 대성학교나 정주의 오산학교가 신민회의 교육기관이 되었듯이 상동청년학원도 신민회의 교육기관이 되었던 것이다. 선생을 비롯하여 상동교회의 삼총사들은 모두 전덕기 목사의 감화를 받아 교회에 입교하여 후일 목사가 된 사람들이었다. 최진사 양반으로 불렸던 최성모는 훗날 선생과 함께 33인 민족대표로 서명했고, 김진호는 3·1운동 때 배재학당에서 학생들의 동원책임을 맡기도 했다.
그러나 1910년 경술국치 직후 신민회가 발각되어 주요 인사들이 대거 피체되는 상황에서 일제의 검거망을 피한 선생은 40이 넘은 나이에 목회자의 길을 가기 위해 1911년 경 협성신학교에 입학하게 되었다. 이 시기 선생은 기독교청년회에도 깊게 관여했다. 망국의 상황에서 기독교청년회의 열기는 더욱 뜨거워 졌다. 날로 강화되는 일제의 폭압정치에 저항하면서 기독청년학원의 청년들은 열심히 공부하였고, 운동장에서는 체육 훈련을 하였으며, 밤마다 강연을 듣고 토론을 하고 요란했다.
기독교청년회는 해마다 운동대회를 훈련원(지금의 서울운동장 자리)에서 개최하였는데, 시내 모든 기독교 학생들이 참가하여 천막을 치고 깃발을 휘날리면서 시위를 했다. 1주일에 3시간씩 수업하던 체육시간은 학생들의 쇠약해진 의식을 강건하게 키우는데 크게 기여했으며, 선생은 이하종(李夏鍾)과 함께 체육 시간에 성의를 다해 학생들을 지도했다.
협성신학교를 졸업한 선생은 1913년 새로 개척한 왕십리교회의 전도사 자격으로 파송되었다. 당시 왕십리는 서울에서 가장 우매하고 미신숭배가 심한 지역이었다. 선생은 이런 곳에서 열심히 노력하여 목회에 성공하는 업적을 남기기도 했다. 또한 왕십리교회에서 시무하는 동안 선생은 1915년 집사목사 안수를 받았다. 그리고 1918년 조선감리회연회는 휴직한 손정도 목사의 후임으로 왕십리교회에 있던 선생을 정동교회의 담임자로 발령하였다.
이 때 정동교회의 인사들 중에는 전도사인 강매, 배재학당장을 겸임하던 신흥우, 기독신보사의 서기 박동완 등이 전도사의 직분을 맡아 활동하고 있었다. 감리교회를 대표하는 정동교회의 목회자가 된 선생은 이들과 함께 힘을 모아 정동교회를 중심으로 활발한 활동을 전개했다.