경상남도농업기술원은 생육후기로 접어들고 있는 마늘의 품질향상을 위한 생리장해 예방과 병해충 관리 등 후기관리요령에 대한 기술지원을 강화하고 있다. 최근 한낮 기온이 크게 오르면서 마늘 생육이 더욱 왕성해지고 있다. 지난 3월 말을 끝으로 더 이상 웃거름을 주어서는 안 되는데, 만약 지금 비료를 주게 되면 마늘 구가 제대로 생기지 않는 벌마늘이 생길 수 있기 때문이다. 또 물이 잘 빠지지 않는 포장은 기온이 25℃ 이상 올라갈 때 생육이 정지되고 잎이 누렇게 변하는 현상인 마늘잎끝마름 현상이 발생할 수 있기 때문에 배수로를 잘 정비해서 토양이 과습하지 않도록 관리해 주어야 한다.
특히 요즘 예방과 관리가 필요한 병해충으로는 마늘 껍질에 검은색의 균핵이 형성되는 토양전염병인 마늘흑색썩음균핵병이 있다. 주로 마늘 연작재배지에서 많이 발생하는 이 병은 돌려짓기와 오염되지 않은 흙으로 객토를 하면 줄일 수가 있으나, 당장 전염을 막기 위해서는 병 발생포장에서 사용했던 농기구는 세척한 다음 사용하고, 전염된 포기는 즉시 제거해야 한다.
이 밖에 4~5월 중에 온도가 15℃정도로 기온이 내려간 상태에서 비가 자주 내릴 경우 노균병과 녹병이 발생할 수 있는데, 노균병이 발생한 포장은 수확 후에 마늘줄기를 모두 모아서 태워야 내년도에 발병률을 줄일 수 있다. 녹병은 거름기가 부족할 때 발생하는데, 심할 경우 최대한 빨리 수확을 하는 것이 좋다. 마늘 상품성을 떨어뜨리는 대표적인 해충인 뿌리응애는 산성토양에서 잘 자라기 때문에 심기 전에 석회를 살포하여 토양을 중화시켜 주면 뿌리응애를 예방할 수 있다.