수확철을 맞은 사과와 배, 단감 등 과일은 작업과정에서 물리적인 충격을 받을 경우, 또는 저장 중 생리장해가 발생했을 경우 모두 상품성을 잃게 된다. 따라서 재배과정 못지않게 수확과 저장을 할 때도 환경과 상황에 맞게 신중함이 따라야 한다.
경상남도농업기술원은 과일 수확 후 신선함을 최대한 유지할 수 있는 품종별 저장요령을 지켜 상품성을 높일 수 있도록 과수농가를 대상으로 기술지원을 실시하고 있다.
배 저장 중 가장 많이 발생하는 과피흑변현상은 수확한 과일을 급하게 저온저장고에 넣었을 때 잘 발생하게 되는데, 햇빛을 받아 온도가 높아 있는 과일의 온도를 낮춘 다음 저온저장고에 저장을 하면 이런 피해를 막을 수 있다. 이 과정을 예냉과정이라고 하며, 호흡속도가 빠른 사과의 경우, 수확 후 바로 예냉을 해주고, 사과보다 호흡속도가 느린 중 만생종배는 호흡열 발생이 적어 신속한 예냉을 하지 않아 된다.
예냉 후 저장시설에 과일을 입고할 때 적정온도는 품종에 따라 다르다. 조생종은 0℃에 저장하면 출고할 때 과실에 이슬 맺힘이 심해지고, 과육이 갈색으로 변하여 상품성이 떨어지기 때문에 저장 온도를 2℃로 맞추어야 한다. 일부 농가에서는 배를 입고시킨 후 저장고 온도를 서서히 낮추는 경우가 있는데, 과피흑변현상을 방지하기 위해서 예냉과정을 거친 배는 가급적 빠른 시간 내에 온도를 낮추는 것이 좋다.
과실의 적정 습도는 90%내외이다. 하지만 습도 변화가 심하면 이슬맺힘 현상이 발생하며, 과일이 과습해져 장해과 발생의 원인이 된다. 이를 방지하기 위해서 봉지 채로 저장하면 습도관리에 유리한데, 온도 편차가 적은 저장고에서는 봉지를 벗기고 상처방지를 위한 발포망을 씌워 저장하는 것도 좋다.
저장고에 적재량이 많고 관리가 부적절할 경우 저장고 내부에는 과실 호흡에 의해 다량의 에틸렌이 축적될 수 있다. 다른 과일과 혼합해서 저장할 경우 에틸렌 가스에 의한 피해 발생사례가 특히 많은데, 에틸렌에 노출된 과일은 물러지는 등 상품성이 현저하게 떨어지기 때문에 수시로 환기를 시켜 에틸렌 농도를 낮추어 주어야 한다.