신선한 과채류를 제철 없이 연중 언제나 먹을 수 있게 된 것은 시설재배가 보급되면서 가능해졌다. 하지만 시설재배도 한여름 무더위 속에서는 작물재배가 어려워지기 때문에 휴식기를 갖게 되는데, 이 기간 동안 다음 농사를 위한 준비가 필요하다. 경상남도농업기술원(원장 최복경)은 시설하우스에서 재배되고 있는 토마토, 파프리카, 고추 등 과채류는 매년 같은 장소에 이어 짓기를 할 경우 병해충 발생 증가, 각종 생리장해 등에 따른 피해가 늘어나게 된다고 들고, 이를 방지하기 위해서는 여름철 휴식기를 틈타 철저한 소독작업을 함으로써 농산물의 품질을 높일 수 있다고 전했다. 이에 따라 고추, 파프리카 등 주요 수출농산물의 최종 수확이 끝나는 시설하우스를 대상으로 연작장해를 줄일 수 있는 온실 내 각종도구 및 토양 등의 소독에 관한 농가 기술지원을 펴나가기로 했다.
수확이 끝난 하우스 내 작물은 모두 뽑아 바닥에 깔아두고, 맑고 기온이 높은 2~3일간 밀폐해 두는 태양열 소독은 총채벌레나 온실가루이 등 골칫거리 해충을 박멸하는데 효과적이다. 만약 비가 자주 오거나 장마철 맑은 날이 드물 경우는 지중난방용 보일러를 90℃로 설정한 후 베드표면을 비닐로 덮고, 천창과 측창을 모두 닫아 2~3일간 고온 상태로 유지하여 소독하는 방법을 이용하면 효과를 볼 수 있다.
수경재배 시설하우스는 최종 수확이 완료되면 DDVP 4,000㎖, 타스타 2,000g, 데시스 3,000㎖, 트리후민 2,000g, 톱밥 20ℓ, 질산가리 2kg에 적당량의 밀가루 풀을 섞어 번개탄 36개에 나누어 윗면에 올려놓고 훈증을 하면 온실소독이 된다. 급액 장치 소독은 물에 질산을 첨가하여 강산성수로 만든 후 급액장치에 흘려보내 벽에 낀 염류와 병원균의 잔류물을 씻어내고, 그런 다음 급액장치는 다시 수산화나트륨 등 알칼리 용액으로 중화시켜주어야 다음에 재배하는 작물의 장해 발생을 방지할 수 있다. 농업기술원은 수출신선농산물 뿐만 아니라 내수용 신선과채류를 재배하는 농가에서는 여름철 시설하우스 소독이 농산물의 품질과 수량에 직접적인 영향을 미친다는 점을 인식하고 작물 수확이 끝나는 대로 빠짐없이 온실 소독을 해줄 것을 당부하고 있다.