달리기를 하면 가장 다치기 쉬운 부위는 무릎이다. 달리기로 인한 손상의 48%가 무릎이 다치는 경우로, 이것은 달리는 도중에 무릎은 엉덩이 관절이나 발목관절과 비교해서 약 2배의 일을 해야하기 때문이다.
무릎의 앞쪽이 아파지는 경우가 전체의 24%로 발생하며, 달리기로 인한 가장 흔한 손상이다. 무릎의 앞쪽에 있는 슬개골이라는 뼈와 대퇴골이라는 무릎관절 위쪽의 뼈가 이루는 관절에 과도한 부하가 걸리게 되어 발생한다.
특히 내리막 길을 달릴 때 많이 발생하는데 이렇게 무릎 앞쪽에 통증이 있는 경우는 내리막길 달리기를 피하여야 하고 허벅지 앞쪽의 근육을 먼저 훈련시킨 후에 달리기를 다시 시작하는 것이 좋다. 평형(개구리 헤엄)을 제외한 수영이 이때는 좋은 운동이다.
엉덩이 관절부터 무릎관절 사이에는 장경인대라는 커다란 힘줄이 바깥쪽으로 지나가게 되는데 이 힘줄에 무리가 와서 무릎의 바깥쪽에 통증을 유발하는 경우도 있다. 이때는 먼저 구불구불한 길이나 언덕길을 뛰는 것을 금하여야 하고 소염진통제와 함께 물리 치료를 시행하여 주면 효과가 있다.
달리기를 하면서 흔히 발 뒤꿈치가 아파지는 경우가 많은데, 이것은 발바닥 부위에 있는 족저근막이라는 부위에 염증이 발생하기 때문이다. 증상은 아침에 발을 처음 딛고 일어설때, 참기 힘든 통증이 발뒤꿈치에 생기는데, 달리기를 하면서 체중이 지속적으로 발로 전해지게 되고 족저근막이 과도한 부하를 견디지 못하고 약해지는 경우에 발생하게 된다. 치료는 먼저 달리기를 일시 중지하고, 밤에 잘 때 부목을 이용하여 움직이지 못하게 고정하는 등 보존적 요법을 사용하고, 발바닥의 안쪽의 아치를 받쳐주는 깔창 등을 이용하면 된다. 일반인의 경우는 통증을 유발하는 부위에 스테로이드를 국소 주사하여 치료를 하면 증상이 아주 빨리 감소되는데, 달리기를 많이 하는 사람의 경우는 발뒤꿈치에 있는 지방층이 얇게 되는 부작용이 발생하는 경우에는 오히려 지속적인 통증을 유발 할 수 있어서, 스테로이드 주사는 하지않는 것이 좋다.
이외에도 과도하게 운동을 하는 경우에는 아킬레스 힘줄이 파열되는 경우도 있고, 아킬레스 힘줄에 염증이 생겨 걷기가 힘든 경우도 있는데, 힘줄의 염증은 부목과 물리치료를 통하여 치료하고, 힘줄이 파열된 경우는 다시 이어주는 수술을 하여야 한다.
달리기를 많이하는 경우는 두 번째 발가락 뼈가 피로에 의하여 골절되는 경우도 있다. 이때는 석고 고정 등으로 치료를 하게 된다.